公孙和秦明在一次法医交流会遇见了，两个业界大拿一见如故。正好当时s市发生一起凶杀案，秦明应邀去协同尸检。在破案期间，展耀发现了秦明的PTSD. 但并不严重，也发现了秦明的心里有一个人，这个人很好的缓解了秦明的心理状态。
林秦双向暗恋，但都以为自己是单箭头。林涛和前女友分手后，蓦然发现自己从第一天见到秦明就心生爱慕，后来找的女朋友甚至都有些地方像秦明。在林涛思考要如何告白时，连倩倩案发，大宝调入龙番市警局。三人各自以为自己是电灯泡，但实际上就只有大宝是条货真价实的单身狗。
SCI调查一起人体实验案，线索指向了龙番市。由于人体实验的尸体很多，公孙忙不过来，于是秦明和大宝被邀请过来帮忙。大宝迅速和马欣打成一片，日常和马欣分享林涛和秦明那纠结的暗恋，马欣表示看多了SCI自家顺风顺水的恋爱，正好缓解一下自己被SCI甜蜜蜜氛围拉高的血糖。
SCI众人天天看见按时按点来郊外接秦明的林涛，搞不明白，这明明都进入老夫老妻模式了，竟然还没能捅破那层窗户纸。展耀劝秦明大胆的试一试，毕竟林涛心里也是有他的。
就在秦明想表白时，第一起臼齿案案发。结案当晚秦明接到匿名邮件，邮件里是一段雨天的音频。后来每发现一个被拔掉臼齿的人，秦明就会收到一段雨天的音频。秦明的精神状态很不好，于是向父母的老友罗玥求助，意外发现了自己父亲当年自杀可能与罗玥有关。
此时SCI那边的人体实验案也有线索指向了罗玥。展耀和白羽瞳去向罗玥了解情况时，发现了罗玥曾经对秦明母亲爱意深种。
林涛在大宝的撺掇下，去秦明家，向秦明表白，却不巧秦明彻夜未归。第二天罗玥身亡，现场的线索指向了秦明。但是秦明失踪了。
刑侦二队队长认为秦明是畏罪潜逃了，林涛当场怼了回去，却被拿住话柄，被迫回避办案。正当林涛和大宝无计可施时，SCI介入调查，刑侦二队队长被展耀揭破对秦明早有不满，借着机会对秦明落井下石。
在此情况下，SCI正式接手了罗玥案，林涛和大宝也在白羽瞳他们的遮掩下参与了进来。
展耀在罗玥的电脑资料里发现了秦明的病历，原来罗玥并没有为秦明治疗，而是加重了秦明的PTSD，还在秦明身上试用了不知名药物。并在发现秦明怀疑自己与秦颂的死有关时，想把秦明囚禁。
林涛翻遍了从秦明失踪那天开始的罗玥所有曾经去过的地方，最后在秦明的旧家里发现了他送给秦明的雨伞和一个地下室。经过检查，那里就是囚禁过秦明的地方。公孙对地下室里发现的碎药瓶进行检验，发现了和他们追查人体实验出现的药物相同的成分。
展耀和林涛大宝二勘罗玥家，在罗玥的毕业照镜框里发现了凶手训练营案中的威尔逊教授寄给罗玥的明信片。白羽瞳利用白锦堂的关系网查到了罗玥曾参加过威尔逊的人格分裂实验。公孙的药物实验出了结果，地下室发现的药物中比凶手训练营案发现的药物功效更强。
就在SCI和林涛大宝担心秦明的安危时，有一起凶案发生。一个被告猥亵幼童却因证据不足被释放的老富商被人发现死在家中，死因是手术刀正中心脏，一刀毙命，现场也有一滴经检验与秦明DNA吻合的血液。
至此，展耀和白羽瞳怀疑秦明被诱发第二人格，自行惩罚着那些逃脱了牢狱的罪人。但是林涛坚信心存正义捍卫公理的秦明不会这么做，但却也没有证据证明秦明的清白。公孙，马欣和大宝三个法医日夜熬在解剖室和案发现场，想要找到破案的线索。
凶案再次发生，这次死的是一个涉嫌杀妻骗保的男人。种种证据皆不利于秦明，林涛和白羽瞳吵了一架，不欢而散。展耀和大宝去劝解林涛，林涛情绪低落，自责自己没有保护好秦明，没能及时发现秦明的异常。
为了避免妨碍白羽瞳他们查案，也为了秦明的心愿，林涛提出让他去查秦颂案。林涛梳理了秦颂和叶青的关系网，发现了当年检举秦颂的人是樊简。秦颂死后，原本是法医助理的樊简升职为法医，但是他很快就申请调离了龙番市。现在孤寡老人的樊简因为阿兹海默病在龙番市的离休所接受治疗。
展耀跟林涛去探望樊简，原本没报什么希望，却不想樊简是装病。原来当年秦颂不知为何申请了长假，樊简就暂时负责法医检验。市领导的儿子涉嫌强奸杀人案，樊简为了前程篡改了尸检报告，没想到被提前销假复职的秦颂发现。这时罗玥不知为何知道了这件事，联系了樊简。两人一拍即合，樊简弄来地高辛，罗玥趁着秦明生日会动手。事后樊简写了检举信，栽赃秦颂渎职受贿。虽然这么多年一直没有人复查秦颂的案子，但是樊简一直良心不安，尤其是他中年失子，老年失妻，总觉得是报应来了。尤其前几年得知秦颂的儿子秦明调回龙番市做法医，更是惶惶不可终日，只得装病避人。
通过从樊简那里得到的消息，林涛去诊所找当年为秦颂尸检的罗玥的前妻孟如月，却发现孟如月前两天就已经失踪了。线索又断了，只凭樊简的一方证词还不足以为秦颂翻案。
在解剖室泡了三天的公孙被白锦堂绑走强制休息，马欣和大宝则在休息室里凑合凑合。睡饱了的公孙在白锦堂的桌子上发现了献血证，调笑白锦堂是十佳好市民时，灵光一闪想到了造血干细胞移植，急忙冲回警局要求调查秦明是否捐献过造血干细胞。在休息室里休息的马欣在给不小心刮破了衣袖的洛天补衣服，大宝突然想到了秦明曾经给自己做的衣服，由衣服的针脚想到了秦明的下刀手法和尸体上的伤口并不一致。
接到消息的林涛赶到秦明家找秦明捐献造血干细胞的证书，却发现了他们找了全市都没找到的孟如月就被绑在秦明家的骨架上，胸前挂着的文件袋里是秦颂的尸检报告。至此秦颂案真相大白于天下。
文件袋里除了尸检报告还有一张留给展耀的纸条。纸展耀一眼就看出来纸条上的字迹是赵爵的。展耀气呼呼的带着SCI和林涛前往纸条上的地址。
在仓库里，展耀等人见到了被捆起来的疯癫怨毒的池子和刚被查到的接受了秦明的造血干细胞移植的张超，却不见赵爵的踪迹，更找不到失踪已久的秦明。张超对杀人栽赃秦明的犯罪事实供认不讳，并指证池子才是罪魁祸首。展耀检查了池子的精神状态 发现她被人催眠了，在幻觉中池子不断的目睹爱人水良强奸虐杀女性的场景，被爱人背叛的幻觉冲破了池子的精神防线。池子真的疯了。
赵爵久违的发来视频通话，展耀质问赵爵是否带走了秦明。赵爵承认了，直言秦明在池子手下遭受的精神折磨已经不是展耀所能解决的了。展耀想到抓捕池子时，找到的记录了池子折磨秦明的过程的录像带，默认了赵爵的说法。
林涛请求赵爵，让他见一面秦明。赵爵笑眯眯的提出了交换条件。当初秦颂请长假是为了帮赵爵的忙，为已经死去的天使白烨验尸，有一份相关资料被秦颂保存着，后来应该在秦明手里。如果林涛他们能找到那份资料，赵爵就允许一个人来陪着秦明。
林涛在他送给秦明的拳套里发现了藏起来的银行保险柜钥匙。赵爵派人来接走了林涛，把他送到了一个太平洋上的小岛上。在那里，秦明在林涛陪伴下，逐渐好起来，二人也终于吐露爱意，修成正果。
